Иоанн Бердюгин родился в 1993 году в Екатеринбурге. В 2001 году поступил в Уральский музыкальный колледж в класс скрипки И.М. Мезриной, в 2011 году перешел в класс альта профессора А.С. Силаева. В 2018 году окончил Московскую государственную консерваторию имени П.И. Чайковского (класс профессора А.В. Бобровского). 

Стипендиат и участник концертов Международного благотворительного фонда Владимира Спивакова. В настоящее время играет на инструменте, подаренном маэстро. Участник Всероссийского юношеского симфонического оркестра под управлением Ю. Башмета.

С 2015 года — обладатель гранта Национального филармонического оркестра России. С сезона 2018/2019 — артист НФОР.

В 2019 году завоевал I премию на X Международном конкурсе юных музыкантов-исполнителей им. С.И. Савшинского в Санкт-Петербурге.