Александра Ханафина родилась в 1970 году в Москве. В 1988 году окончила Московскую среднюю специальную музыкальную школу имени Гнесиных, в 1993 году – Российскую академию музыки имени Гнесиных (класс профессора Вячеслава Трушина).
Лауреат международного конкурса «Концертино Прага» (1987).
В 1990–2003 гг. – артистка камерного оркестра «Российская камерата», в 2003–2008 гг. – артистка Государственного академического камерного оркестра России. С 2008 года – артистка Национального филармонического оркестра России.