Андрей Лысенко родился в 1954 году в Москве. В 1979 году окончил Московскую государственную консерваторию имени П. И. Чайковского (класс профессора Валентина Снегирева).
Работал в симфоническом оркестре Центрального телевидения и Всесоюзного радио под управлением Максима Шостаковича, Симфоническом оркестре Министерства культуры СССР (под управлением Геннадия Рождественского, Государственной симфонической капелле России под управлением Валерия Полянского, Симфоническом оркестре Москвы «Русская филармония», Академическом симфоническом оркестре Московской филармонии под управлением Юрия Симонов).
С 2003 года — артист Национального филармонического оркестра России.
В 2021 году удостоен почетного звания «Заслуженный артист Российской Федерации».