Иоанн Бердюгин родился в 1993 году в Екатеринбурге. В 2001 году поступил в Уральский музыкальный колледж (класс скрипки Ирины Мезриной), в 2011 году перешел в класс альта профессора Алексея Силаева. В 2018 году окончил Московскую государственную консерваторию имени П. И. Чайковского (класс профессора Александра Бобровского).
Стипендиат и участник концертов Международного благотворительного фонда Владимира Спивакова. Играет на инструменте, подаренном маэстро.
Был участником Всероссийского юношеского симфонического оркестра под управлением Юрия Башмета.
В 2019 году завоевал I премию на X Международном конкурсе юных музыкантов-исполнителей имени С. И. Савшинского
В 2015 году стал обладателем гранта Национального филармонического оркестра России. С сезона